關於臺灣地方派系研究有兩大重要面向：一是地方派系和國民黨之間的經濟、政治資源交換關係；另一則是地方派系在民主化之後和政黨結盟關係，由一黨化轉變為多黨化。本研究將探討一個過去地方政治研究較為疏忽的面向：司法。司法對於國民黨的侍從主義有兩個意義。一是，作為控制地方派系的工具；另一則是保護侍從主義菁英所引起的貪污腐敗。在民主化之後，台灣的侍從主義發生激烈變化。本論文將探討司法在侍從體系崩潰過程中所扮演的角色。本研究將首先探討台灣司法獨立改革的歷史過程，此部分將分為法院體系和檢察體系，案件分配（事務分配）和人事升遷問題將是討論的重點。司法獨立對於國民黨的侍從體系帶來三個政治效應：國民黨無法用司法來作為處罰地方派系的工具、國民黨無法用司法來保護地方派系的貪污和買票、地方政治人物被起訴和判刑造成國民黨地方菁英的中斷。