民國八十九年總統大選結果，代表民進黨的陳水扁當選中華民國第十任總統，完成了台灣首次的政黨輪替，然而在立法部門，國民黨立委仍掌握立法院的過半數，因此形成了總統與立法院的多數黨不屬於同一政黨的分立性政府型態。由於民進黨政府無法掌握立法院的多數，一個沒有獲得國會多數支持的政府，是否在預算的審查與法案的推動在立法院會遭遇困難？

為了瞭解行政與立法之間的互動是否因為政府無法掌握國會的多數而有所差異，本文將其分為三個階段來觀察，第一階段為國民黨執政且擁有國會多數支持的多數政府時期，第二階段為民進黨執政，但是國會多數為國民黨所掌握的少數政府時期，第三階段為民進黨執政，國會並沒有任何一黨掌握過半席次，民進黨雖然在立法上常與台聯結盟，但是仍然無法掌握國會的多數。本文觀察的焦點則放在立法院對於預算的審查與法案的審查。本研究發現從立法院對於行政院所提出的總預算的刪減比例，並未顯示少數政府與多數政府的差異，然而若是從預算主決議的數量與內容，我們確實可以看出少數政府的預算在立法院所遭遇的困難，即使在第三階段民進黨的席次增加，畢竟未掌握國會多數，其困難並未因席次增加而減少。

接著，本研究更進一步觀察行政院提案在立法院審查的狀態，與其他單位的提案相比，少數政府時期，行政院提案的通過率較低且所須天數較長。另外，我們也發現少數政府時期，無論在第二或第三階段，院會記名表決的通過率只有三成多，與多數政府時期的九成八有相當大的差異。也由於記名表決之成功率過低，使得民進黨政府越來越怯於採取表決的方式。最後，我們也發現政黨對立因政黨輪替之後少數政府執政而越來越嚴重，此種情況在第三階段泛藍與泛綠雙方席次越接近時，而越形嚴重。政黨對立的情況，可以從政黨對決的表決比例增加、政黨對決的類型越來越傾向藍綠對抗、以及政黨團結分數越來越高等指標看出端倪。

從目前初步的觀察，我們可以看出少數政府在立法院確實面臨了在野黨不少的挑戰，但是因為觀察的時間仍舊很短，我們不知道這是因為我國歷史上第一次政黨輪替所造成的朝野雙方的不適應，還是因為執政黨無法掌握國會多數所造成的。要得到真正的結論，需要更長時間之觀察。